Στο Τμήμα λειτουργούν τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.):
- Το Π.Μ.Σ. “Πληροφοριακά Συστήματα & Υπηρεσίες” (MSc in Information Systems and Services) (Α.Π. 20184240, ΦΕΚ 3273/Β’ /8-8-2018), το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) που αντιστοιχεί σε 90 πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων και περιλαμβάνει τρεις κατευθύνσεις:
- Κατεύθυνση 1η: Προηγμένα Πληροφοριακά Συστήματα (Advanced Information Systems)
- Κατεύθυνση 2η: Μεγάλα Δεδομένα και Αναλυτική (Big Data and Analytics)
- Κατεύθυνση 3η: Πληροφορική Διακυβέρνηση (IT Governance)
- Το Π.Μ.Σ. “Ηλεκτρονική Μάθηση” (MSc in e-Learning) (Α.Π. 20183530, ΦΕΚ 2505/Β’ /29-6-2018), το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) που αντιστοιχεί σε 90 πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων.
- Το Π.Μ.Σ. “Κυβερνοασφάλεια και Τεχνολογίες Τεχνητής Νοημοσύνης” (MSc in Cybersecurity and AI Technologies) (Α.Π. 20242788, ΦΕΚ 2779/Β’/16-5-2024), το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) που αντιστοιχεί σε 90 πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων.
- Το Π.Μ.Σ. “Δίκαιο και Τεχνολογίες Πληροφορικής και Επικοινωνιών” (MSc in Law and Information and Communication Technologies) (ΦΕΚ: 2077/30.05.2020/τ.Β), το οποίο απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) που αντιστοιχεί σε 90 πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων.
- Το Π.Μ.Σ. “Κλιματική Κρίση και Τεχνολογίες Πληροφορικής και Επικοινωνιών” (MSc in Climate Crisis and Information and Communication Technologies) (ΦΕΚ: 3047/22.07.2020/τ.Β’), το οποίο απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) που αντιστοιχεί σε 90 πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων.
- Το Τμήμα Ψηφιακών Συστημάτων συμμετέχει στο Διιδρυματικό Π.Μ.Σ. «Οργάνωση και Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας – Πληροφορική της Υγείας». Το Π.Μ.Σ. οργανώνεται από τα Τμήματα Νοσηλευτικής και Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, τα Τμήματα Ψηφιακών Συστημάτων, Πληροφορικής και Βιομηχανικής Διοίκησης & Τεχνολογίας του Πανεπιστημίου Πειραιώς.
- Το Τμήμα Ψηφιακών Συστημάτων συμμετέχει στο Διιδρυματικό Π.Μ.Σ. «Ψηφιακές Υπηρεσίες Υγείας και Αναλυτική». Το Π.Μ.Σ. οργανώνεται από το Τμήμα Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου και από το Τμήμα Ψηφιακών Συστημάτων του Πανεπιστημίου Πειραιώς.
- Το Τμήμα Ψηφιακών Συστημάτων και το ΙΠ&Τ του ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος» οργανώνουν και λειτουργούν από το ακαδημαϊκό έτος 2019-2020 Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Τεχνητή Νοημοσύνη» (ΦΕΚ 2924/ Β’ / 12-07-2017).
Το Τμήμα παρέχει επίσης τη δυνατότητα εκπόνησης διδακτορικής διατριβής σε κάθε πτυχιούχο ελληνικού ή αναγνωρισμένου Πανεπιστημίου της αλλοδαπής που διαθέτει τα απαιτούμενα ουσιαστικά και τυπικά προσόντα.